api_quick_reference

# COBRApy API 快速参考 本文档提供了常用 COBRApy 函数、签名及使用模式的快速参考。 ## 模型 I/O ### 加载模型 python from cobra.io import load_model, read_sbml_model, load_json_model, load_yaml_model, load_matlab_model # 内置测试模型 model = load_model("textbook") # 大肠杆菌核心代谢 model = load_model("ecoli") # 完整大肠杆菌 iJO1366 model = load_model("salmonella") # 沙门氏菌 LT2 # 从文件加载 model = read_sbml_model(filename, f_replace={}, **kwargs) model = load_json_model(filename) model = load_yaml_model(filename) model = load_matlab_model(filename, variable_name=None) ### 保存模型 python from cobra.io import write_sbml_model, save_json_model, save_yaml_model, save_matlab_model write_sbml_model(model, filename, f_replace={}, **kwargs) save_json_model(model, filename, pretty=False, **kwargs) save_yaml_model(model, filename, **kwargs) save_matlab_model(model, filename, **kwargs) ## 模型结构 ### 核心类 python from cobra import Model, Reaction, Metabolite, Gene # 创建模型 model = Model(id_or_model=None, name=None) # 创建代谢物 metabolite = Metabolite( id=None, formula=None, name="", charge=None, compartment=None ) # 创建反应 reaction = Reaction( id=None, name="", subsystem="", lower_bound=0.0, upper_bound=None ) # 创建基因 gene = Gene(id=None, name="", functional=True) ### 模型属性 python # 组件访问 (DictList 对象) model.reactions # Reaction 对象的 DictList model.metabolites # Metabolite 对象的 DictList model.genes # Gene 对象的 DictList # 特殊反应列表 model.exchanges # 交换反应 (外部运输) model.demands # 需求反应 (代谢物汇) model.sinks # 汇反应 model.boundary # 所有边界反应 # 模型属性 model.objective # 当前目标 (读/写) model.objective_direction # "max" 或 "min" model.medium # 生长培养基 (交换: 约束的字典) model.solver # 优化求解器 ### DictList 方法 python # 按索引访问 item = model.reactions[0] # 按 ID 访问 item = model.reactions.get_by_id("PFK") # 按字符串查询 (子字符串匹配) items = model.reactions.query("atp") # 不区分大小写搜索 items = model.reactions.query(lambda x: x.subsystem == "Glycolysis") # 列表推导式 item