Chembl Database API 参考

# ChEMBL Web 服务 API 参考 ## 概述 ChEMBL 是由欧洲生物信息学研究所 (EBI) 维护的具有类药性质的生物活性分子人工精选数据库。它包含有关化合物、靶点、测定、生物活性数据和已获批药物的信息。 ChEMBL 数据库包含： - 超过 200 万条化合物记录 - 超过 140 万条测定记录 - 超过 1900 万条活性值 - 13,000 多个药物靶点信息 - 16,000 多种已获批药物和临床候选药物数据 ## Python 客户端安装 bash pip install chembl_webresource_client ## 关键资源与端点 ChEMBL 提供对 30 多个专用端点的访问： ### 核心数据类型 - **molecule** - 化合物结构、属性和同义词 - **target** - 蛋白质和非蛋白质生物靶点 - **activity** - 生物测定测量结果 - **assay** - 实验测定详情 - **drug** - 已获批药物信息 - **mechanism** - 药物作用机制数据 - **document** - 文献来源和参考资料 - **cell_line** - 细胞系信息 - **tissue** - 组织类型 - **protein_class** - 蛋白质分类 - **target_component** - 靶点组件详情 - **compound_structural_alert** - 毒性结构预警 ## 查询模式与过滤器 ### 过滤运算符 API 支持 Django 风格的过滤运算符： - `__exact` - 精确匹配 - `__iexact` - 不区分大小写的精确匹配 - `__contains` - 包含子字符串 - `__icontains` - 不区分大小写的包含 - `__startswith` - 以...开头 - `__endswith` - 以...结尾 - `__gt` - 大于 - `__gte` - 大于等于 - `__lt` - 小于 - `__lte` - 小于等于 - `__range` - 值在范围内 - `__in` - 值在列表中 - `__isnull` - 为空/不为空 - `__regex` - 正则表达式匹配 - `__search` - 全文搜索 ### 过滤查询示例 **分子量过滤：** python molecules.filter(molecule_properties__mw_freebase__lte=300) **名称模式匹配：** python molecules.filter(pref_name__endswith='nib') **多条件查询：** python molecules.filter( molecule_properties__mw_freebase__lte=300, pref_name__endswith='nib' ) ## 化学结构搜索 ### 子结构搜索 使用 SMILES 搜索包含特定子结构的化合物： python from chembl_webresource_client.new_client import new_client similarity = new_client.similarity results = similarity.fil