Opentargets Database API 参考

# Open Targets 平台 API 参考 ## API 端点 https://api.platform.opentargets.org/api/v4/graphql 带有文档的交互式 GraphQL 操练场： https://api.platform.opentargets.org/api/v4/graphql/browser ## 访问方法 Open Targets 平台提供多种访问方法： 1. **GraphQL API** - 最适合单实体查询和灵活的数据检索 2. **Web 界面** - 交互式平台 https://platform.opentargets.org 3. **数据下载** - FTP 地址 https://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/opentargets/platform/ 4. **Google BigQuery** - 用于大规模系统性查询 ## 身份验证 GraphQL API 无需身份验证。所有数据均可自由访问。 ## 速率限制 对于涉及多个靶点或疾病的系统性查询，请使用数据集下载或 BigQuery，而不是重复调用 API。API 针对单实体和探索性查询进行了优化。 ## GraphQL 查询结构 GraphQL 查询包含： 1. 带有可选变量的查询操作 2. 字段选择（仅请求所需字段） 3. 嵌套实体遍历 ### Python 基础示例 python import requests import json # 定义查询 query_string = """ query target($ensemblId: String!){ target(ensemblId: $ensemblId){ id approvedSymbol biotype geneticConstraint { constraintType exp obs score } } } """ # 定义变量 variables = {"ensemblId": "ENSG00000169083"} # 发起请求 base_url = "https://api.platform.opentargets.org/api/v4/graphql" response = requests.post(base_url, json={"query": query_string, "variables": variables}) data = json.loads(response.text) print(data) ## 可用查询端点 ### /target 检索基因注释、可药性评估和疾病关联。 **常用字段：** - `id` - Ensembl 基因 ID - `approvedSymbol` - HGNC 基因符号 - `approvedName` - 基因全名 - `biotype` - 基因类型 (protein_coding 等) - `tractability` - 成药性评估 - `safetyLiabilities` - 安全性信息 - `expressions` - 基线表达数据 - `knownDrugs` - 已批准/临床药物 - `associatedDiseases` - 带有证据的疾病关联 ### /disease 检索疾病/表型数据、已知药物和临床信息。 **常用字段：** - `id` - EFO 疾病标识符 - `name` - 疾病名称 - `description` - 疾病描述 - `therapeuticAreas` - 高层级疾病类别 -