Rdkit API 参考

# RDKit API 参考 本文档提供了 RDKit Python API 的全面参考，按功能组织。 ## 核心模块: rdkit.Chem 处理分子的基础模块。 ### 分子 I/O **读取分子：** - `Chem.MolFromSmiles(smiles, sanitize=True)` - 解析 SMILES 字符串 - `Chem.MolFromSmarts(smarts)` - 解析 SMARTS 模式 - `Chem.MolFromMolFile(filename, sanitize=True, removeHs=True)` - 读取 MOL 文件 - `Chem.MolFromMolBlock(molblock, sanitize=True, removeHs=True)` - 解析 MOL 块字符串 - `Chem.MolFromMol2File(filename, sanitize=True, removeHs=True)` - 读取 MOL2 文件 - `Chem.MolFromMol2Block(molblock, sanitize=True, removeHs=True)` - 解析 MOL2 块 - `Chem.MolFromPDBFile(filename, sanitize=True, removeHs=True)` - 读取 PDB 文件 - `Chem.MolFromPDBBlock(pdbblock, sanitize=True, removeHs=True)` - 解析 PDB 块 - `Chem.MolFromInchi(inchi, sanitize=True, removeHs=True)` - 解析 InChI 字符串 - `Chem.MolFromSequence(seq, sanitize=True)` - 从肽序列创建分子 **写入分子：** - `Chem.MolToSmiles(mol, isomericSmiles=True, canonical=True)` - 转换为 SMILES - `Chem.MolToSmarts(mol, isomericSmarts=False)` - 转换为 SMARTS - `Chem.MolToMolBlock(mol, includeStereo=True, confId=-1)` - 转换为 MOL 块 - `Chem.MolToMolFile(mol, filename, includeStereo=True, confId=-1)` - 写入 MOL 文件 - `Chem.MolToPDBBlock(mol, confId=-1)` - 转换为 PDB 块 - `Chem.MolToPDBFile(mol, filename, confId=-1)` - 写入 PDB 文件 - `Chem.MolToInchi(mol, options='')` - 转换为 InChI - `Chem.MolToInchiKey(mol, options='')` - 生成 InChI 键 - `Chem.MolToSequence(mol)` - 转换为肽序列 **批量 I/O：** - `Chem.SDMolSupplier(filename, sanitize=True, removeHs=True)` - SDF 文件读取器 - `Chem.ForwardSDMolSupplier(fileobj, sanitize=True, removeHs=True)` - 前向 SDF 读取器 - `Chem.MultithreadedSDMolSupplier(filename, numWriterThreads=1)` - 并行 SDF 读取器 - `Chem.SmilesMolSupplier(filename, delimiter=' ', titleLine=True)` - SMILES 文件读取器 - `Chem.SDWriter(filename)` - SDF 文件写入器 - `Chem.SmilesWriter(filename, delimiter=' ', includeHeader=True)` - SMILES 文件写入器 ### 分子操作 **标准化：** - `Chem.SanitizeMol(mol, sanitizeOps=SANITIZE_ALL, catchErrors=False)` - 标准化分子 - `Chem.DetectChemistryProblems(mol, sanitizeOps=SANITIZE_ALL)` - 检测标准化问题 - `Chem.AssignStereochemistry(mol, cleanIt=True, force=False)` - 分配立体化学