Gene Database API 参考

# NCBI Gene API 参考 本文档提供了以编程方式访问 NCBI Gene 数据库的详细 API 文档。 ## 目录 1. [E-utilities API](#e-utilities-api) 2. [NCBI Datasets API](#ncbi-datasets-api) 3. [身份验证和速率限制](#authentication-and-rate-limits) 4. [错误处理](#error-handling) --- ## E-utilities API E-utilities (Entrez Programming Utilities) 为 NCBI 的 Entrez 数据库提供了稳定的接口。 ### 基础 URL https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/ ### 通用参数 - `db` - 数据库名称（基因数据库使用 `gene`） - `api_key` - 用于更高速率限制的 API 密钥 - `retmode` - 返回格式 (json, xml, text) - `retmax` - 返回的最大记录数 ### ESearch - 搜索数据库 搜索匹配文本查询的基因。 **端点:** `esearch.fcgi` **参数:** - `db=gene` (必需) - 要搜索的数据库 - `term` (必需) - 搜索查询 - `retmax` - 最大结果数 (默认: 20) - `retmode` - json 或 xml (默认: xml) - `usehistory=y` - 将结果存储在历史服务器上，适用于大数据集 **查询语法:** - 基因符号: `BRCA1[gene]` 或 `BRCA1[gene name]` - 生物体: `human[organism]` 或 `9606[taxid]` - 组合术语: `BRCA1[gene] AND human[organism]` - 疾病: `muscular dystrophy[disease]` - 染色体: `17q21[chromosome]` - GO 术语: `GO:0006915[biological process]` **请求示例:** bash curl "https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?db=gene&term=BRCA1[gene]+AND+human[organism]&retmode=json" **响应格式 (JSON):** { "esearchresult": { "count": "1", "retmax": "1", "retstart": "0", "idlist": ["672"], "translationset": [], "querytranslation": "BRCA1[Gene Name] AND human[Organism]" } } ### ESummary - 文档摘要 检索基因 ID 的文档摘要。 **端点:** `esummary.fcgi` **参数:** - `db=gene` (必需) - 数据库 - `id` (必需) - 逗号分隔的基因 ID（最多 500 个） - `retmode` - json 或 xml (默认: xml) **请求示例:** bash curl "https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esummary.fcgi?db=gene&id=672&retmode=json" **响应格式 (JSON):** { "result": { "672": { "uid": "672", "name": "BRCA1", "description": "BRCA1 DNA repair associated", "organism": { "scientificname": "Homo sapiens", "commonname": "human", "taxid": 9606 }, "chromosome": "17",