bioservices

# BioServices ## 概述 BioServices 是一个 Python 包，提供对约 40 种生物信息学 Web 服务和数据库的程序化访问。在 Python 工作流中检索生物数据、执行跨数据库查询、映射标识符、分析序列并集成多个生物资源。该包透明地处理 REST 和 SOAP/WSDL 协议。 ## 何时使用此技能 在以下情况使用此技能： - 从 UniProt、PDB、Pfam 检索蛋白质序列、注释或结构 - 通过 KEGG 或 Reactome 分析代谢通路和基因功能 - 在化合物数据库 (ChEBI, ChEMBL, PubChem) 中搜索化学信息 - 在不同生物数据库之间转换标识符 (KEGG↔UniProt, 化合物 ID) - 运行序列相似性搜索 (BLAST, MUSCLE 比对) - 查询基因本体术语 (QuickGO, GO 注释) - 访问蛋白质-蛋白质相互作用数据 (PSICQUIC, IntactComplex) - 挖掘基因组数据 (BioMart, ArrayExpress, ENA) - 在单个工作流中集成来自多个生物信息学资源的数据 ## 核心功能 ### 1. 蛋白质分析 检索蛋白质信息、序列和功能注释： python from bioservices import UniProt u = UniProt(verbose=False) # 按名称搜索蛋白质 results = u.search("ZAP70_HUMAN", frmt="tab", columns="id,genes,organism") # 检索 FASTA 序列 sequence = u.retrieve("P43403", "fasta") # 在数据库间映射标识符 kegg_ids = u.mapping(fr="UniProtKB_AC-ID", to="KEGG", query="P43403") **关键方法：** - `search()`: 使用灵活的搜索词查询 UniProt - `retrieve()`: 以各种格式 (FASTA, XML, tab) 获取蛋白质条目 - `mapping()`: 在数据库间转换标识符 参考：`references/services_reference.md` 获取完整的 UniProt API 详情。 ### 2. 通路发现与分析 访问基因和生物体的 KEGG 通路信息： python from bioservices import KEGG k = KEGG() k.organism = "hsa" # 设置为人类 # 搜索生物体 k.lookfor_organism("droso") # 查找果蝇物种 # 按名称查找通路 k.lookfor_pathway("B cell") # 返回匹配的通路 ID # 查找包含特定基因的通路 pathways = k.get_pathway_by_gene("7535", "hsa") # ZAP70 基因 # 检索并解析通路数据 data = k.get("hsa04660") parsed = k.parse(data) # 提取通路相互作用 interactions = k.parse_kgml_pathway("hsa04660") relations = interactions['relations'] # "