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# ChEMBL 数据库 ## 概述 ChEMBL 是由欧洲生物信息学研究所 (EBI) 维护的生物活性分子人工精选数据库，包含超过 200 万种化合物、1900 万条生物活性测量数据、13,000 多个药物靶点，以及已获批药物和临床候选药物的数据。使用 ChEMBL Python 客户端以程序化方式访问和查询这些数据，用于药物发现和药物化学研究。 ## 何时使用此技能 当需要执行以下操作时，应使用此技能： - **化合物搜索**：按名称、结构或属性查找分子 - **靶点信息**：检索有关蛋白质、酶或生物靶点的数据 - **生物活性数据**：查询 IC50、Ki、EC50 或其他活性测量值 - **药物信息**：查找已获批药物、作用机制或适应症 - **结构搜索**：执行相似性或子结构搜索 - **化学信息学**：分析分子属性和类药性 - **靶点-配体关系**：探索化合物-靶点相互作用 - **药物发现**：识别抑制剂、激动剂或生物活性分子 ## 安装与设置 ### Python 客户端 程序化访问需要 ChEMBL Python 客户端： bash uv pip install chembl_webresource_client ### 基本使用模式 python from chembl_webresource_client.new_client import new_client # 访问不同的端点 molecule = new_client.molecule target = new_client.target activity = new_client.activity drug = new_client.drug ## 核心能力 ### 1. 分子查询 **按 ChEMBL ID 检索：** python molecule = new_client.molecule aspirin = molecule.get('CHEMBL25') **按名称搜索：** python results = molecule.filter(pref_name__icontains='aspirin') **按属性过滤：** python # 查找具有良好 LogP 的小分子 (MW <= 500) results = molecule.filter( molecule_properties__mw_freebase__lte=500, molecule_properties__alogp__lte=5 ) ### 2. 靶点查询 **检索靶点信息：** python target = new_client.target egfr = target.get('CHEMBL203') **搜索特定靶点类型：** python # 查找所有激酶靶点 kinases = target.filter( target_type='SINGLE PROTEIN', pref_name__icontains='kinase' ) ### 3. 生物活性数据 **查询靶点的活性：** python activity = new_client.activity # 查找强效 EGFR 抑制剂 results = activity.filter( target_chembl_id='CHEMBL203', standard_type='IC50',