confidence_and_limitations

# DiffDock 置信度评分与局限性 本文档提供关于解读 DiffDock 置信度评分及理解工具局限性的详细指南。 ## 置信度评分解读 DiffDock 为每个预测的结合姿态生成一个置信度评分。该评分表示模型对预测结果的确定程度。 ### 评分范围 | 评分范围 | 置信度等级 | 解读 | |------------|------------------|----------------| | **> 0** | 高置信度 | 强预测，结合姿态可能准确 | | **-1.5 到 0** | 中等置信度 | 合理预测，可能需要验证 | | **500 Da) - 具有多条链的蛋白质复合物 - 未结合的蛋白质构象（可能需要构象变化） - 训练数据中未充分覆盖的新型蛋白质家族 - **提高预期的情况**: - 类药小分子 (150-500 Da) - 单链蛋白质或定义明确的结合位点 - 与训练数据（PDBBind, BindingMOAD）相似的蛋白质 3. **多次预测**: DiffDock 为每个复合物生成多个样本（默认：10 个） - 查看排名靠前的预测（按置信度） - 考虑对相似姿态进行聚类 - 多个样本间的高置信度共识可增强预测可靠性 ## DiffDock 预测内容 ### ✅ DiffDock 可预测 - **结合姿态**: 配体在蛋白质结合位点的 3D 空间取向 - **置信度评分**: 模型对预测的确定程度 - **多种构象**: 各种可能的结合模式 ### ❌ DiffDock 不可预测 - **结合亲和力**: 蛋白质-配体相互作用的强度 (ΔG, Kd, Ki) - **结合动力学**: 结合/解离速率，停留时间 - **ADMET 性质**: 吸收、分布、代谢、排泄、毒性 - **选择性**: 对不同靶标的相对结合能力 ## 范围与局限性 ### 设计用途 - **小分子对接**: 通常为 100-1000 Da 的有机化合物 - **蛋白质靶标**: 单个或多