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# gget 数据库信息 关于 gget 模块所查询数据库的概述，包括更新频率和重要注意事项。 ## 重要提示 gget 查询的数据库会持续更新，这有时会改变其结构。gget 模块会每两周进行一次自动测试，并在必要时更新以匹配新的数据库结构。请务必保持 gget 更新： bash pip install --upgrade gget ## 数据库目录 ### 基因组参考数据库 #### Ensembl - **使用模块：** gget ref, gget search, gget info, gget seq - **描述：** 包含脊椎动物和无脊椎动物物种注释的综合基因组数据库 - **更新频率：** 定期发布（编号）；新版本大约每 3 个月发布一次 - **访问方式：** FTP 下载，REST API - **网站：** https://www.ensembl.org/ - **备注：** - 支持脊椎动物和无脊椎动物基因组 - 可指定发布版本号以确保可重复性 - 提供常见物种的快捷方式（'human', 'mouse'） #### UCSC Genome Browser - **使用模块：** gget blat - **描述：** 带有 BLAT 比对工具的基因组浏览器数据库 - **更新频率：** 随新组装定期更新 - **访问方式：** Web 服务 API - **网站：** https://genome.ucsc.edu/ - **备注：** - 提供多种基因组组装版本（hg38, mm39 等） - BLAT 针对脊椎动物基因组进行了优化 ### 蛋白质与结构数据库 #### UniProt - **使用模块：** gget info, gget seq（氨基酸序列）, gget elm - **描述：** 通用蛋白质资源，提供全面的蛋白质序列和功能信息 - **更新频率：** 定期发布（Swiss-Prot 每周，TrEMBL 每月） - **访问方式：** REST API - **网站：** https://www.uniprot.org/ - **备注：** - Swiss-Prot：人工注释和审核 - TrEMBL：自动注释 #### NCBI (国家生物技术信息中心) - **使用模块：** gget info, gget bgee（针对非 Ensembl 物种） - **描述：** 具有广泛交叉引用的基因和蛋白质数据库 - **更新频率：** 持续更新 - **访问方式：** E-utilities API - **网站：** https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ - **数据库：** Gene, Protein, RefSeq #### RCSB PDB (蛋白质数据库) - **使用模块：** gget pdb - **描述：** 蛋白质和核酸 3D 结构数据存储库 - **更新频率：** 每周更新 - **访问方式：** REST API - **网站：** https://www.rcsb.org/ - **备注：** - 实验测定