flowio

# FlowIO: 流式细胞术标准文件处理器 ## 概述 FlowIO 是一个轻量级的 Python 库，用于读取和写入流式细胞术标准 (FCS) 文件。解析 FCS 元数据，提取事件数据，并以最少的依赖创建新的 FCS 文件。该库支持 FCS 2.0、3.0 和 3.1 版本，非常适合后端服务、数据工作流和基础细胞术文件操作。 ## 何时使用此技能 当遇到以下情况时，应使用此技能： - 需要解析或提取元数据的 FCS 文件 - 需要将流式细胞术数据转换为 NumPy 数组 - 需要将事件数据导出为 FCS 格式 - 需要分离多数据集 FCS 文件 - 需要提取通道信息（散射光、荧光、时间） - 需要进行细胞术文件验证或检查 - 在高级分析前进行预处理工作流 **相关工具：** 对于包括补偿、门控和 FlowJo/GatingML 支持在内的高级流式细胞术分析，建议将 FlowKit 库作为 FlowIO 的配套工具。 ## 安装 bash uv pip install flowio 需要 Python 3.9 或更高版本。 ## 快速入门 ### 基础文件读取 python from flowio import FlowData # 读取 FCS 文件 flow_data = FlowData('experiment.fcs') # 访问基础信息 print(f"FCS 版本: {flow_data.version}") print(f"事件数: {flow_data.event_count}") print(f"通道: {flow_data.pnn_labels}") # 获取 NumPy 数组格式的事件数据 events = flow_data.as_array() # 形状: (事件数, 通道数) ### 创建 FCS 文件 python import numpy as np from flowio import create_fcs # 准备数据 data = np.array([[100, 200, 50], [150, 180, 60]]) # 2 个事件, 3 个通道 channels = ['FSC-A', 'SSC-A', 'FL1-A'] # 创建 FCS 文件 create_fcs('output.fcs', data, channels) ## 核心工作流 ### 读取和解析 FCS 文件 FlowData 类提供了读取 FCS 文件的主要接口。 **标准读取：** python from flowio import FlowData # 基础读取 flow = FlowData('sample.fcs') # 访问属性 version = flow.version # '3.0', '3.1' 等 event_count = flow.event_count # 事件数量 channel_count = flow.channel_count # 通道数量 pnn_labels = flow.pnn_labels # 短通道名称 pns_labels = flow.pns_labels # 描述性染色名称 # 获取事件数据 events = flow.as_array() # 预处理后（应用了增益、对数缩放） raw_events = flow.as_array(preprocess=False) # 原始数据 **内存高效的元数据读取：** 当仅需要元数据时