hmdb-database

# HMDB 数据库 ## 概述 人类代谢组数据库 (HMDB) 是一个全面且免费的资源，包含有关人体内小分子代谢物的详细信息。 ## 何时使用此技能 在进行代谢组学研究、临床化学、生物标志物发现或代谢物鉴定任务时，应使用此技能。 ## 数据库内容 HMDB 5.0 版本（2025年最新）包含： - **220,945 个代谢物条目**，涵盖水溶性和脂溶性化合物 - **8,610 条蛋白质序列**，涉及代谢相关的酶和转运蛋白 - **每个代谢物包含 130+ 个数据字段**，包括： - 化学性质（结构、分子式、分子量、InChI、SMILES） - 临床数据（生物标志物关联、疾病、正常/异常浓度） - 生物学信息（代谢通路、反应、位置） - 光谱数据（NMR、MS、MS-MS 光谱） - 外部数据库链接（KEGG、PubChem、MetaCyc、ChEBI、PDB、UniProt、GenBank） ## 核心能力 ### 1. 基于 Web 的代谢物搜索 通过 https://www.hmdb.ca/ 的 Web 界面访问 HMDB 进行： **文本搜索：** - 按代谢物名称、同义词或标识符 (HMDB ID) 搜索 - HMDB ID 示例：HMDB0000001, HMDB0001234 - 按疾病关联或通路参与情况搜索 - 按生物样本类型（尿液、血清、脑脊液、唾液、粪便、汗液）查询 **基于结构的搜索：** - 使用 ChemQuery 进行结构和子结构搜索 - 按分子量或分子量范围搜索 - 使用 SMILES 或 InChI 字符串查找化合物 **光谱搜索：** - LC-MS 光谱匹配 - GC-MS 光谱匹配 - 用于代谢物鉴定的 NMR 光谱搜索 **高级搜索：** - 组合多个条件（名称、属性、浓度范围） - 按生物位置或样本类型过滤 - 按蛋白质/酶关联搜索 ### 2. 访问代谢物信息 检索代谢物数据时，HMDB 提供： **化学信息：** - 系统名称、传统名称和同义词 - 化学式和分子量 - 结构表示（2D/3D、SMILES、InChI、MOL 文件） - 化学分类 **生物学背景：** - 代谢通路和反应 - 相关的酶和转运蛋白 - 亚细胞位置 - 生物学作用和功能 **临床相关性：** - 生物流体中的正常浓度范围 - 与疾病相关的生物标志物 - 临床