identification

# 肽段与蛋白质鉴定 ## 概述 PyOpenMS 通过与搜索引擎集成支持肽段/蛋白质鉴定，并提供用于鉴定结果后处理的工具，包括 FDR 控制、蛋白质推断和注释。 ## 支持的搜索引擎 PyOpenMS 集成了以下搜索引擎： - **Comet**: 快速串联 MS 搜索 - **Mascot**: 商业搜索引擎 - **MSGFPlus**: 基于谱图概率的搜索 - **XTandem**: 开源搜索工具 - **OMSSA**: NCBI 搜索引擎 - **Myrimatch**: 高通量搜索 - **MSFragger**: 超快速搜索 ## 读取鉴定数据 ### idXML 格式 python import pyopenms as ms # 加载鉴定结果 protein_ids = [] peptide_ids = [] ms.IdXMLFile().load("identifications.idXML", protein_ids, peptide_ids) print(f"蛋白质鉴定数: {len(protein_ids)}") print(f"肽段鉴定数: {len(peptide_ids)}") ### 访问肽段鉴定 python # 遍历肽段 ID for peptide_id in peptide_ids: # 谱图元数据 print(f"RT: {peptide_id.getRT():.2f}") print(f"m/z: {peptide_id.getMZ():.4f}") # 获取肽段命中 (按分数排序) hits = peptide_id.getHits() print(f"命中数: {len(hits)}") for hit in hits: sequence = hit.getSequence() print(f" 序列: {sequence.toString()}") print(f" 分数: {hit.getScore()}") print(f" 电荷: {hit.getCharge()}") print(f" 质量误差 (ppm): {hit.getMetaValue('mass_error_ppm')}") # 获取修饰 if sequence.isModified(): for i in range(sequence.size()): residue = sequence.getResidue(i) if residue.isModified(): print(f" 位置 {i} 的修饰: {residue.getModificationName()}") ### 访问蛋白质鉴定 python # 访问蛋白质级别信息 for protein_id in protein_ids: # 搜索参数 search_params = protein_id.getSearchParameters() print(f"搜索引擎: {protein_id.getSearchEngine()}") print(f"数据库: {search_params.db}") # 蛋白质命中 hits = protein_id.getHits() for hit in hits: print(f" 登录号: {hit.getAccession()}") print(f" 分数: {hit.getScore()}") print(f" 覆盖率: {hit.getCoverage()}") print(f" 序列: {hit.getSequence()}") ## 错误发现率 (FDR) ### FDR 过滤 应用 FDR 过滤以控制 fa