identifier_mapping

# BioServices: 标识符映射指南 本文档提供了关于使用 BioServices 在不同生物数据库之间转换标识符的综合信息。 ## 目录 1. [概述](#overview) 2. [UniProt 映射服务](#uniprot-mapping-service) 3. [UniChem 化合物映射](#unichem-compound-mapping) 4. [KEGG 标识符转换](#kegg-identifier-conversions) 5. [常见映射模式](#common-mapping-patterns) 6. [故障排除](#troubleshooting) --- ## 概述 生物数据库使用不同的标识符系统。交叉引用需要在这些系统之间进行映射。BioServices 提供了多种方法： 1. **UniProt 映射**：全面的蛋白质/基因 ID 转换 2. **UniChem**：化学化合物 ID 映射 3. **KEGG**：条目中内置的交叉引用 4. **PICR**：蛋白质标识符交叉引用服务 --- ## UniProt 映射服务 UniProt 映射服务是用于蛋白质和基因标识符转换的最全面的工具。 ### 基本用法 python from bioservices import UniProt u = UniProt() # 映射单个 ID result = u.mapping( fr="UniProtKB_AC-ID", # 源数据库 to="KEGG", # 目标数据库 query="P43403" # 要转换的标识符 ) print(result) # 输出: {'P43403': ['hsa:7535']} ### 批量映射 python # 映射多个 ID (逗号分隔) ids = ["P43403", "P04637", "P53779"] result = u.mapping( fr="UniProtKB_AC-ID", to="KEGG", query=",".join(ids) ) for uniprot_id, kegg_ids in result.items(): print(f"{uniprot_id} → {kegg_ids}") ### 支持的数据库对 UniProt 支持 100 多种数据库对之间的映射。主要包括： #### 蛋白质/基因数据库 | 源格式 | 代码 | 目标格式 | 代码 | |---------------|------|---------------|------| | UniProtKB AC/ID | `UniProtKB_AC-ID` | KEGG | `KEGG` | | UniProtKB AC/ID | `UniProtKB_AC-ID` | Ensembl | `Ensembl` | | UniProtKB AC/ID | `UniProtKB_AC-ID` | Ensembl Protein | `Ensembl_Protein` | | UniProtKB AC/ID | `UniProtKB_AC-ID` | Ensembl Transcript | `Ensembl_Transcript` | | UniProtKB AC/ID | `UniProtKB_AC-ID` | RefSeq Protein | `RefSeq_Protein` | | UniProtKB AC/ID | `UniProtKB_AC-ID` | RefSeq Nucleotide | `RefSeq_Nucleotide` | | UniProtKB AC/ID | `UniProtKB_AC-ID` | GeneID (Entrez) | `GeneID` | | UniProtKB AC/ID | `UniProtKB_AC-ID` | HGNC | `HGNC` | | UniProtKB AC/ID | `UniProtKB_AC-ID` | MGI | `MGI` | | KEGG | `KEGG` | UniProtKB | `UniP