io_formats

# Pymatgen 输入/输出与文件格式参考 本参考文档记录了 Pymatgen 强大的输入/输出功能，支持读取和写入 100 多种结构和计算数据文件格式。 ## 通用 I/O 理念 Pymatgen 通过 `from_file()` 和 `to()` 方法为文件操作提供统一接口，并根据文件扩展名自动检测格式。 ### 读取文件 python from pymatgen.core import Structure, Molecule # 自动格式检测 struct = Structure.from_file("POSCAR") struct = Structure.from_file("structure.cif") mol = Molecule.from_file("molecule.xyz") # 显式指定格式 struct = Structure.from_file("file.txt", fmt="cif") ### 写入文件 python # 写入文件（格式由扩展名推断） struct.to(filename="output.cif") struct.to(filename="POSCAR") struct.to(filename="structure.xyz") # 获取字符串表示而不写入文件 cif_string = struct.to(fmt="cif") poscar_string = struct.to(fmt="poscar") ## 结构文件格式 ### CIF (晶体学信息文件) 晶体学数据的标准格式。 python from pymatgen.io.cif import CifParser, CifWriter # 读取 parser = CifParser("structure.cif") structure = parser.get_structures()[0] # 返回结构列表 # 写入 writer = CifWriter(struct) writer.write_file("output.cif") # 或使用便捷方法 struct = Structure.from_file("structure.cif") struct.to(filename="output.cif") **关键特性：** - 支持对称性信息 - 可包含多个结构 - 保留空间群和对称操作 - 处理部分占位情况 ### POSCAR/CONTCAR (VASP) VASP 的结构格式。 python from pymatgen.io.vasp import Poscar # 读取 poscar = Poscar.from_file("POSCAR") structure = poscar.structure # 写入 poscar = Poscar(struct) poscar.write_file("POSCAR") # 或使用便捷方法 struct = Structure.from_file("POSCAR") struct.to(filename="POSCAR") **关键特性：** - 支持选择性动力学 - 可包含速度信息 (XDATCAR 格式) - 保留晶格和坐标精度 ### XYZ 简单的分子坐标格式。 python # 用于分子 mol = Molecule.from_file("molecule.xyz") mol.to(filename="output.xyz") # 用于结构（笛卡尔坐标） struct.to(filename="structure.xyz") ### PDB (蛋白质数据库) 生物分子的通用格式。 python mol = Molecule.from_file("protein.pdb") mol.to(filename="output.pdb") #