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# KEGG 数据库参考 ## 概述 KEGG（京都基因与基因组百科全书）是一个综合性的生物信息学资源，维护着人工策划的通路图和分子相互作用网络。它提供了用于理解生物系统的“分子相互作用、反应和关系的接线图”。 **基础 URL**：https://rest.kegg.jp **官方文档**：https://www.kegg.jp/kegg/rest/keggapi.html **访问限制**：KEGG API 仅供学术用户进行学术研究使用。 ## KEGG 数据库 KEGG 集成了 16 个主要数据库，分为系统信息、基因组信息、化学信息和健康信息类别： ### 系统信息 - **PATHWAY**：用于代谢、遗传信息处理、环境信息处理、细胞过程、生物系统、人类疾病和药物开发的人工绘制通路图 - **MODULE**：通路的功能单元和构建模块 - **BRITE**：层级分类和本体论 ### 基因组信息 - **GENOME**：带有注释的完整基因组 - **GENES**：所有生物的基因目录 - **ORTHOLOGY**：直系同源组 (KO: KEGG Orthology) - **SSDB**：序列相似性数据库 ### 化学信息 - **COMPOUND**：代谢物和其他化学物质 - **GLYCAN**：聚糖结构 - **REACTION**：化学反应 - **RCLASS**：反应类（化学结构转化模式） - **ENZYME**：酶命名法 - **NETWORK**：网络变体 ### 健康信息 - **DISEASE**：具有遗传和环境因素的人类疾病 - **DRUG**：具有化学结构和靶点信息的获批药物 - **DGROUP**：药物组 ### 外部数据库链接 KEGG 交叉引用了包括以下在内的外部数据库： - **PubMed**：文献参考 - **NCBI Gene**：基因数据库 - **UniProt**：蛋白质序列 - **PubChem**：化学化合物 - **ChEBI**：生物学意义的化学实体 ## REST API 操作 ### 1. INFO - 数据库元数据 **语法**：`/info/` 检索数据库的发布信息和统计数据。 **示例**： - `/info/kegg` - KEGG 系统信息 - `/info/pathway` - 通路数据库信息 - `/info/hsa` - 人类物种信息 ### 2. LIST - 条目列表 **语法**：`/list/[/]` 列出条目标识符和相关名称。 **参数**： - `database` - 数据库名称 (pathway,)