latchbio-integration

# LatchBio 集成 ## 概述 Latch 是一个用于构建和部署生物信息学工作流作为无服务器流水线的 Python 框架。它基于 Flyte 构建，支持使用 @workflow/@task 装饰器创建工作流，通过 LatchFile/LatchDir 管理云端数据，配置资源，并集成 Nextflow/Snakemake 流水线。 ## 核心能力 Latch 平台提供四个主要功能领域： ### 1. 工作流创建与部署 - 使用 Python 装饰器定义无服务器工作流 - 支持原生 Python、Nextflow 和 Snakemake 流水线 - 自动 Docker 容器化 - 自动生成无代码用户界面 - 版本控制与可重复性 ### 2. 数据管理 - 云存储抽象 (LatchFile, LatchDir) - 使用注册表 (Registry) 进行结构化数据组织 (项目 → 表 → 记录) - 具有链接和枚举的类型安全数据操作 - 本地与云端之间的自动文件传输 - 用于文件选择的 Glob 模式匹配 ### 3. 资源配置 - 预配置的任务装饰器 (@small_task, @large_task, @small_gpu_task, @large_gpu_task) - 自定义资源规格 (CPU, 内存, GPU, 存储) - GPU 支持 (K80, V100, A100) - 超时与存储配置 - 成本优化策略 ### 4. 验证工作流 - 生产就绪的预构建流水线 - 批量 RNA-seq、DESeq2、通路分析 - 用于蛋白质结构预测的 AlphaFold 和 ColabFold - 单细胞工具 (ArchR, scVelo, emptyDropsR) - CRISPR 分析、系统发育学等 ## 快速入门 ### 安装与设置 bash # 安装 Latch SDK python3 -m uv pip install latch # 登录 Latch latch login # 初始化新工作流 latch init my-workflow # 将工作流注册到平台 latch register my-workflow **先决条件：** - 安装并运行 Docker - Latch 账户凭据 - Python 3.8+ ### 基础工作流示例 python from latch import workflow, small_task from latch.types import LatchFile @small_task def process_file(input_file: LatchFile) -> LatchFile: """处理单个文件""" # 处理逻辑 return output_file @workflow def my_workflow(input_file: LatchFile) -> LatchFile: """ 我的生物信息学工作流 参数: input_file: 输入数据文件 """ return process_file(input_file=input_file) ## 何时使用此技能 在遇到以下场景时应使用此技能： **工作流开发：** - "为 RNA-seq 分析创建一个 Latch 工作流"