matchms

# Matchms ## 概述 Matchms 是一个用于质谱数据处理和分析的开源 Python 库。它可以从多种格式导入谱图、标准化元数据、过滤峰值、计算谱图相似度，并构建可重复的分析工作流。 ## 核心功能 ### 1. 导入和导出质谱数据 从多种文件格式加载谱图并导出处理后的数据： python from matchms.importing import load_from_mgf, load_from_mzml, load_from_msp, load_from_json from matchms.exporting import save_as_mgf, save_as_msp, save_as_json # 导入谱图 spectra = list(load_from_mgf("spectra.mgf")) spectra = list(load_from_mzml("data.mzML")) spectra = list(load_from_msp("library.msp")) # 导出处理后的谱图 save_as_mgf(spectra, "output.mgf") save_as_json(spectra, "output.json") **支持的格式：** - mzML 和 mzXML（原始质谱格式） - MGF (Mascot Generic Format) - MSP (谱图库格式) - JSON (兼容 GNPS) - metabolomics-USI 引用 - Pickle (Python 序列化) 有关导入/导出的详细文档，请参阅 `references/importing_exporting.md`。 ### 2. 谱图过滤与处理 应用全面的过滤器来标准化元数据并精炼峰值数据： python from matchms.filtering import default_filters, normalize_intensities from matchms.filtering import select_by_relative_intensity, require_minimum_number_of_peaks # 应用默认元数据协调过滤器 spectrum = default_filters(spectrum) # 归一化峰强度 spectrum = normalize_intensities(spectrum) # 按相对强度过滤峰值 spectrum = select_by_relative_intensity(spectrum, intensity_from=0.01, intensity_to=1.0) # 要求最少峰值数 spectrum = require_minimum_number_of_peaks(spectrum, n_required=5) **过滤器类别：** - **元数据处理**：协调化合物名称、推导化学结构、标准化加合物、校正电荷 - **峰值过滤**：归一化强度、按 m/z 或强度选择、移除前体峰 - **质量控制**：要求最少峰值数、验证前体 m/z、确保元数据完整性 - **化学注释**：添加指纹、推导 InChI/SMILES、修复结构不匹配 Matchms 提供 40 多种过滤器。有关完整的过滤器参考，请参阅 `references/filtering.md`。 ### 3. 计算谱图相似度 使用各种相似度指标比较谱图： python from matchms import calculate_scores