medchem

# 药物化学 (Medchem) ## 概述 Medchem 是一个用于药物研发工作流中分子筛选和优先级排序的 Python 库。通过应用数百种成熟及创新的分子过滤器、结构警示和药物化学规则，高效地对化合物库进行分类和优先级排序。规则和过滤器具有上下文相关性——请结合领域专业知识作为参考使用。 ## 何时使用此技能 当需要进行以下操作时使用此技能： - 将药物相似性规则（Lipinski, Veber 等）应用于化合物库 - 通过结构警示或 PAINS 模式过滤分子 - 为先导化合物优化进行优先级排序 - 评估化合物质量和药物化学性质 - 检测活性或有问题的官能团 - 计算分子复杂性指标 ## 安装 bash uv pip install medchem ## 核心能力 ### 1. 药物化学规则 使用 `medchem.rules` 模块将成熟的药物相似性规则应用于分子。 **可用规则：** - 五规则 (Lipinski) - Oprea 规则 - CNS 规则 - 类先导规则 (软性和严格) - 三规则 - Reos 规则 - 药物规则 - Veber 规则 - 黄金三角 - PAINS 过滤器 **单规则应用：** python import medchem as mc # 将五规则应用于 SMILES 字符串 smiles = "CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O" # 阿司匹林 passes = mc.rules.basic_rules.rule_of_five(smiles) # 返回：True # 检查特定规则 passes_oprea = mc.rules.basic_rules.rule_of_oprea(smiles) passes_cns = mc.rules.basic_rules.rule_of_cns(smiles) **使用 RuleFilters 应用多条规则：** python import datamol as dm import medchem as mc # 加载分子 mols = [dm.to_mol(smiles) for smiles in smiles_list] # 创建包含多条规则的过滤器 rfilter = mc.rules.RuleFilters( rule_list=[ "rule_of_five", "rule_of_oprea", "rule_of_cns", "rule_of_leadlike_soft" ] ) # 并行应用过滤器 results = rfilter( mols=mols, n_jobs=-1, # 使用所有 CPU 核心 progress=True ) **结果格式：** 结果以字典形式返回，包含每条规则的通过/失败状态及详细信息。 ### 2. 结构警示过滤器 使用 `medchem.structural` 模块检测潜在有问题的结构模式。 **可用过滤器：** 1. **常见警示** - 源自 ChEMBL 策展和文献的通用结构警示 2. **NIBR 过滤器** - 诺华生物医学研究所过滤器集 3. **Lilly