ontologies

# LaminDB 本体管理 本文档涵盖了通过 Bionty 插件在 LaminDB 中进行生物本体管理，包括访问、搜索以及使用标准化生物学术语进行数据标注。 ## 概述 LaminDB 集成了 `bionty` 插件来管理标准化的生物本体，从而在研究项目中实现一致的元数据整理和数据标注。Bionty 提供对 20 多种经过整理的生物本体的访问，涵盖基因、蛋白质、细胞类型、组织、疾病等。 ## 可用本体 LaminDB 提供对多种经过整理的本体来源的访问： | 注册表 | 本体来源 | 描述 | |----------|----------------|-------------| | **Gene** | Ensembl | 各物种的基因（人类、小鼠等） | | **Protein** | UniProt | 蛋白质序列和标注 | | **CellType** | Cell Ontology (CL) | 标准化细胞类型分类 | | **CellLine** | Cell Line Ontology (CLO) | 细胞系标注 | | **Tissue** | Uberon | 解剖结构和组织 | | **Disease** | Mondo, DOID | 疾病分类 | | **Phenotype** | Human Phenotype Ontology (HPO) | 表型异常 | | **Pathway** | Gene Ontology (GO) | 生物通路和过程 | | **ExperimentalFactor** | Experimental Factor Ontology (EFO) | 实验变量 | | **DevelopmentalStage** | Various | 各物种的发育阶段 | | **Ethnicity** | HANCESTRO | 人类祖先本体 | | **Drug** | DrugBank | 药物化合物 | | **Organism** | NCBItaxon | 分类学分类 | ## 安装与导入 python # 安装 bionty (包含在 lamindb 中) pip install lamindb # 导入 import lamindb as ln import bionty as bt ## 导入公共本体 使用公共本体来源填充您的注册表： python # 导入细胞本体 bt.CellType.import_source() # 导入特定物种的基因 bt.Gene.import_source(organism="human") bt.Gene.import_source(organism="mouse") # 导入组织 bt.Tissue.import_source() # 导入疾病 bt.Disease.import_source(source="mondo") # Mondo 疾病本体 bt.Disease.import_source(source="doid") # 疾病本体 ## 搜索与访问记录 ### 关键词搜索 python # 搜索细胞类型 bt.CellType.search("T cell").to_dataframe() bt.CellType.search("gamma-delta").to_dataframe() # 搜索基因 bt.Gene.search("CD8").to_dataframe() bt.Gene.search("TP53").to_dataframe() # 搜索疾病 bt.Disease.search("cancer").to_data