quick_reference

# deepTools 快速参考 ## 最常用命令 ### BAM 转 bigWig (归一化) bash bamCoverage --bam input.bam --outFileName output.bw --normalizeUsing RPGC --effectiveGenomeSize 2913022398 --binSize 10 --numberOfProcessors 8 ### 比较两个 BAM 文件 bash bamCompare -b1 treatment.bam -b2 control.bam -o ratio.bw --operation log2 --scaleFactorsMethod readCount ### 相关性热图 bash multiBamSummary bins --bamfiles *.bam -o counts.npz plotCorrelation -in counts.npz --corMethod pearson --whatToShow heatmap -o correlation.png ### TSS 周围热图 bash computeMatrix reference-point -S signal.bw -R genes.bed -b 3000 -a 3000 --referencePoint TSS -o matrix.gz plotHeatmap -m matrix.gz -o heatmap.png ### ChIP 富集检查 bash plotFingerprint -b input.bam chip.bam -o fingerprint.png --extendReads 200 --ignoreDuplicates ## 有效基因组大小 (Effective Genome Sizes) | 物种 | 程序集 | 大小 | |----------|----------|------| | 人类 | hg38 | 2913022398 | | 小鼠 | mm10 | 2652783500 | | 果蝇 | dm6 | 142573017 | ## 常用归一化方法 - **RPGC**: 1× 基因组覆盖度 (需要 --effectiveGenomeSize) - **CPM**: 每百万计数 (用于固定 bin) - **RPKM**: 每百万读段每千碱基 (用于基因) ## 典型工作流 1. **QC**: plotFingerprint, plotCorrelation 2. **覆盖度**: 使用归一化参数运行 bamCoverage 3. **比较**: 使用 bamCompare 进行处理组与对照组对比 4. **可视化**: computeMatrix → plotHeatmap/plotProfile