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# Reactome 数据库 ## 概述 Reactome 是一个免费、开源、经人工审阅的通路数据库，包含 2,825 条以上的人类通路。通过 REST API 和 Python 客户端查询生物通路、执行过表达和表达分析、将基因映射到通路，并探索分子相互作用，以支持系统生物学研究。 ## 何时使用此技能 当需要执行以下操作时使用此技能： - 对基因或蛋白质列表进行通路富集分析 - 分析基因表达数据以识别相关的生物通路 - 查询特定的通路信息、反应或分子相互作用 - 将基因或蛋白质映射到生物通路和过程 - 探索疾病相关的通路和机制 - 在 Reactome 通路浏览器中可视化分析结果 - 进行跨物种的比较通路分析 ## 核心能力 Reactome 提供两个主要 API 服务和一个 Python 客户端库： ### 1. 内容服务 (Content Service) - 数据检索 查询并检索生物通路数据、分子相互作用和实体信息。 **常见操作：** - 检索通路信息和层级结构 - 查询特定实体（蛋白质、反应、复合物） - 获取通路中的参与分子 - 访问数据库版本和元数据 - 探索通路区室和位置 **API 基础 URL:** `https://reactome.org/ContentService` ### 2. 分析服务 (Analysis Service) - 通路分析 对基因列表和表达数据执行计算分析。 **分析类型：** - **过表达分析 (Overrepresentation Analysis)**：从基因/蛋白质列表中识别具有统计学意义的通路 - **表达数据分析 (Expression Data Analysis)**：分析基因表达数据集以查找相关通路 - **物种比较 (Species Comparison)**：比较不同生物体之间的通路数据 **API 基础 URL:** `https://reactome.org/AnalysisService` ### 3. reactome2py Python 包 封装了 Reactome API 调用的 Python 客户端库，便于程序化访问。 **安装：** bash uv pip install reactome2py **注意：** reactome2py 包（3.0.0 版本，2021 年 1 月发布）功能可用，但未积极维护。如需最新功能，建议直接使用 REST API 调用。 ## 查询通路数据 ### 使用内容服务 REST API 内容服务使用 REST 协议，并以 JSON 或纯文本格式返回数据。 **获取数据库版本：** python import requests response = requests.get("https://reactome.org/ContentService/data/database/version") version = res