感兴趣区域 (ROI)

# 感兴趣区域 (ROIs) 本参考指南涵盖了在 OMERO 中创建、检索和分析 ROI 的相关内容。 ## ROI 概述 OMERO 中的 ROI（感兴趣区域）是几何形状的容器，用于标记图像上的特定区域。每个 ROI 可以包含多个形状，且形状可以针对特定的 Z 轴切片和时间点。 ### 支持的形状类型 - **Rectangle**: 矩形区域 - **Ellipse**: 圆形和椭圆形区域 - **Line**: 线段 - **Point**: 单个点 - **Polygon**: 多点多边形 - **Mask**: 基于像素的掩码 - **Polyline**: 多段线 ## 创建 ROI ### 辅助函数 python from omero.rtypes import rdouble, rint, rstring import omero.model def create_roi(conn, image, shapes): """ 创建 ROI 并将其链接到形状。 参数: conn: BlitzGateway 连接 image: 图像对象 shapes: 形状对象列表 返回: 已保存的 ROI 对象 """ roi = omero.model.RoiI() roi.setImage(image._obj) for shape in shapes: roi.addShape(shape) updateService = conn.getUpdateService() return updateService.saveAndReturnObject(roi) def rgba_to_int(red, green, blue, alpha=255): """ 将 RGBA 值 (0-255) 转换为 OMERO 的整数编码。 参数: red, green, blue, alpha: 颜色值 (0-255) 返回: 整数颜色值 """ return int.from_bytes([red, green, blue, alpha], byteorder='big', signed=True) ### 矩形 ROI python from omero.rtypes import rdouble, rint, rstring import omero.model # 获取图像 image = conn.getObject("Image", image_id) # 定义位置和大小 x, y = 50, 100 width, height = 200, 150 z, t = 0, 0 # Z 轴切片和时间点 # 创建矩形 rect = omero.model.RectangleI() rect.x = rdouble(x) rect.y = rdouble(y) rect.width = rdouble(width) rect.height = rdouble(height) rect.theZ = rint(z) rect.theT = rint(t) # 设置标签和颜色 rect.textValue = rstring("Cell Region") rect.fillColor = rint(rgba_to_int(255, 0, 0, 50)) # 红色，半透明 rect.strokeColor = rint(rgba_to_int(255, 255, 0, 255)) # 黄色边框 # 创建 ROI roi = create_roi(conn, image, [rect]) print(f"已创建 ROI ID: {roi.getId().getValue()}") ### 椭圆形 ROI python # 中心位置和半径 center_x, center_y = 250, 250 radius_x, radius_y = 100, 75 z, t = 0, 0 # 创建椭圆 ellipse = omero.model.EllipseI() ellipse.x = rdouble(center_x) ellipse.y