services_reference

# BioServices: 完整服务参考 本文档提供了 BioServices 中所有主要服务的综合参考，包括关键方法、参数和使用案例。 ## 蛋白质与基因资源 ### UniProt 蛋白质序列和功能信息数据库。 **初始化：** python from bioservices import UniProt u = UniProt(verbose=False) **关键方法：** - `search(query, frmt="tab", columns=None, limit=None, sort=None, compress=False, include=False, **kwargs)` - 使用灵活的查询语法搜索 UniProt - `frmt`: "tab", "fasta", "xml", "rdf", "gff", "txt" - `columns`: 逗号分隔列表 (例如 "id,genes,organism,length") - 返回: 所需格式的字符串 - `retrieve(uniprot_id, frmt="txt")` - 检索特定的 UniProt 条目 - `frmt`: "txt", "fasta", "xml", "rdf", "gff" - 返回: 所需格式的条目数据 - `mapping(fr="UniProtKB_AC-ID", to="KEGG", query="P43403")` - 在数据库之间转换标识符 - `fr`/`to`: 数据库标识符 (参见 identifier_mapping.md) - `query`: 单个 ID 或逗号分隔列表 - 返回: 将输入 ID 映射到输出 ID 的字典 - `searchUniProtId(pattern, columns="entry name,length,organism", limit=100)` - 基于 ID 搜索的便捷方法 - 返回: 制表符分隔的值 **常用列：** id, entry name, genes, organism, protein names, length, sequence, go-id, ec, pathway, interactor **使用案例：** - 用于 BLAST 的蛋白质序列检索 - 功能注释查找 - 跨数据库标识符映射 - 批量蛋白质信息检索 --- ### KEGG (京都基因与基因组百科全书) 代谢通路、基因和生物体数据库。 **初始化：** python from bioservices import KEGG k = KEGG() k.organism = "hsa" # 设置默认生物体 **关键方法：** - `list(database)` - 列出 KEGG 数据库中的条目 - `database`: "organism", "pathway", "module", "disease", "drug", "compound" - 返回: 包含条目的多行字符串 - `find(database, query)` - 按关键字搜索数据库 - 返回: 带有 ID 的匹配条目列表 - `get(entry_id)` - 按 ID 检索条目 - 支持基因、通路、化合物等 - 返回: 原始条目文本 - `parse(data)` - 将 KEGG 条目解析为字典 - 返回: 包含结构化数据的字典 - `lookfor_organism(name)` - 按名称模式搜索生物体 - 返回: 匹配的生物体代码列表 - `lookfor_pathway(name)` - 按名称搜索通路 - R