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# STRING 数据库 ## 概述 STRING 是一个综合性的已知和预测蛋白质-蛋白质相互作用数据库，涵盖了 5000 多个物种的 5900 万个蛋白质和 200 亿次相互作用。通过 REST API 查询相互作用网络、执行功能富集分析、发现合作伙伴，适用于系统生物学和通路分析。 ## 何时使用此技能 当需要执行以下操作时使用此技能： - 获取单个或多个蛋白质的蛋白质-蛋白质相互作用网络 - 对蛋白质列表执行功能富集分析 (GO, KEGG, Pfam) - 发现相互作用伙伴并扩展蛋白质网络 - 测试蛋白质是否形成显著富集的功能模块 - 生成带有基于证据着色的网络可视化图 - 分析同源性和蛋白质家族关系 - 进行跨物种蛋白质相互作用比较 - 识别枢纽蛋白 (Hub proteins) 和网络连接模式 ## 快速入门 此技能提供： 1. 用于所有 STRING REST API 操作的 Python 辅助函数 (`scripts/string_api.py`) 2. 包含详细 API 规范的综合参考文档 (`references/string_reference.md`) 当用户请求 STRING 数据时，确定所需操作并使用 `scripts/string_api.py` 中的相应函数。 ## 核心操作 ### 1. 标识符映射 (`string_map_ids`) 将基因名称、蛋白质名称和外部 ID 转换为 STRING 标识符。 **何时使用**: 开始任何 STRING 分析、验证蛋白质名称、查找规范标识符。 **用法**: python from scripts.string_api import string_map_ids # 映射单个蛋白质 result = string_map_ids('TP53', species=9606) # 映射多个蛋白质 result = string_map_ids(['TP53', 'BRCA1', 'EGFR', 'MDM2'], species=9606) # 每个查询映射多个匹配项 result = string_map_ids('p53', species=9606, limit=5) **参数**: - `species`: NCBI 分类 ID (9606 = 人类, 10090 = 小鼠, 7227 = 果蝇) - `limit`: 每个标识符的匹配数量（默认: 1） - `echo_query`: 在输出中包含查询词（默认: 1） **最佳实践**: 始终先映射标识符，以加快后续查询速度。 ### 2. 网络检索 (`string_network`) 以表格格式获取蛋白质-蛋白质相互作用网络数据。 **何时使用**: 构建相互作用网络、分析连通性、检索相互作用证据。 **用法**: python from scripts.string_api import string_network # 获取单个蛋白质的网络 network = string_network('9606.ENSP000002693