tables

# OMERO 表格 本参考指南涵盖了使用 OMERO.tables 在 OMERO 中创建和管理结构化表格数据。 ## OMERO.tables 概述 OMERO.tables 提供了一种存储与 OMERO 对象关联的结构化表格数据的方法。表格以 HDF5 文件形式存储，并可进行高效查询。常见用例包括： - 存储图像的定量测量结果 - 记录分析结果 - 跟踪实验元数据 - 将测量结果链接到特定图像或 ROI ## 列类型 OMERO.tables 支持多种列类型： - **LongColumn**: 整数值 (64-bit) - **DoubleColumn**: 浮点数值 - **StringColumn**: 文本数据 (固定最大长度) - **BoolColumn**: 布尔值 - **LongArrayColumn**: 整数数组 - **DoubleArrayColumn**: 浮点数数组 - **FileColumn**: OMERO 文件引用 - **ImageColumn**: OMERO 图像引用 - **RoiColumn**: OMERO ROI 引用 - **WellColumn**: OMERO 孔板引用 ## 创建表格 ### 基础表格创建 python from random import random import omero.grid # 创建唯一表格名称 table_name = f"MyAnalysisTable_{random()}" # 定义列（初始化时为空数据） col1 = omero.grid.LongColumn('ImageID', '图像标识符', []) col2 = omero.grid.DoubleColumn('MeanIntensity', '平均像素强度', []) col3 = omero.grid.StringColumn('Category', '分类', 64, []) columns = [col1, col2, col3] # 获取资源并创建表格 resources = conn.c.sf.sharedResources() repository_id = resources.repositories().descriptions[0].getId().getValue() table = resources.newTable(repository_id, table_name) # 使用列定义初始化表格 table.initialize(columns) ### 向表格添加数据 python # 准备数据 image_ids = [1, 2, 3, 4, 5] intensities = [123.4, 145.2, 98.7, 156.3, 132.8] categories = ["Good", "Good", "Poor", "Excellent", "Good"] # 创建数据列 data_col1 = omero.grid.LongColumn('ImageID', '图像标识符', image_ids) data_col2 = omero.grid.DoubleIntensity('MeanIntensity', '平均像素强度', intensities) data_col3 = omero.grid.StringColumn('Category', '分类', 64, categories) data = [data_col1, data_col2, data_col3] # 向表格添加数据 table.addData(data) # 获取文件引用 orig_file = table.getOriginalFile() table.close() # 完成后务必关闭表格 ### 将表格链接到数据集 python # 从表格创建文件注释 orig_file_id = orig_file.id.val file_ann = omero.model.FileAnnotatio