verified-workflows

# 验证工作流 ## 概述 Latch 验证工作流是由 Latch 工程师开发和维护的生产就绪型预构建生物信息学流水线。这些工作流被顶级制药公司和生物技术公司用于研究和发现。 ## Python SDK 中的可用性 `latch.verified` 模块提供从 Python 代码对验证工作流的编程访问。 ### 导入验证工作流 python from latch.verified import ( bulk_rnaseq, deseq2, mafft, trim_galore, alphafold, colabfold ) ## 核心验证工作流 ### 批量 RNA-seq 分析 **比对与定量：** python from latch.verified import bulk_rnaseq from latch.types import LatchFile # 运行批量 RNA-seq 流水线 results = bulk_rnaseq( fastq_r1=LatchFile("latch:///data/sample_R1.fastq.gz"), fastq_r2=LatchFile("latch:///data/sample_R2.fastq.gz"), reference_genome="hg38", output_dir="latch:///results/rnaseq" ) **功能：** - 使用 FastQC 进行读取质量控制 - 接头修剪 - 使用 STAR 或 HISAT2 进行比对 - 使用 featureCounts 进行基因级定量 - MultiQC 报告生成 ### 差异表达分析 **DESeq2：** python from latch.verified import deseq2 from latch.types import LatchFile # 运行差异表达分析 results = deseq2( count_matrix=LatchFile("latch:///data/counts.csv"), sample_metadata=LatchFile("latch:///data/metadata.csv"), design_formula="~ condition", output_dir="latch:///results/deseq2" ) **功能：** - 归一化与方差稳定化 - 差异表达测试 - MA 图和火山图 - PCA 可视化 - 注释结果表 ### 通路分析 **富集分析：** python from latch.verified import pathway_enrichment results = pathway_enrichment( gene_list=LatchFile("latch:///data/deg_list.txt"), organism="human", databases=["GO_Biological_Process", "KEGG", "Reactome"], output_dir="latch:///results/pathways" ) **支持的数据库：** - 基因本体 (GO) - KEGG 通路 - Reactome - WikiPathways - MSigDB 集合 ### 序列比对 **MAFFT 多序列比对：** python from latch.verified import mafft aligned = mafft( input_fasta=LatchFile("latch:///data/sequences.fasta"), algorithm="auto", output_format="fasta" ) **功能：** - 多种比对算法 (FFT-NS-1, FFT-NS-2, G-INS-i, L-INS-i) - A