zinc-database

# ZINC 数据库 ## 概述 ZINC 是由加州大学旧金山分校（UCSF）维护的一个可免费访问的 2.3 亿+ 可购买化合物存储库。用户可以通过 ZINC ID 或 SMILES 进行搜索、执行相似性搜索、下载用于分子对接的 3D 结构，以及为虚拟筛选和药物发现发现类似物。 ## 何时使用此技能 当需要进行以下操作时，应使用此技能： - **虚拟筛选**：寻找用于分子对接研究的化合物 - **先导化合物发现**：识别用于药物开发的商业化化合物 - **结构搜索**：通过 SMILES 执行相似性或类似物搜索 - **化合物检索**：通过 ZINC ID 或供应商代码查找分子 - **化学空间探索**：探索可购买的化学多样性 - **对接研究**：获取 3D 分子结构 - **类似物搜索**：基于结构相似性查找相似化合物 - **供应商查询**：识别特定化学品供应商的化合物 - **随机采样**：获取用于筛选的随机化合物集 ## 数据库版本 ZINC 经历了多个版本的发展： - **ZINC22**（当前）：最新版本，拥有 2.3 亿+ 可购买化合物和数十亿规模的按需合成化合物 - **ZINC20**：仍在维护，专注于类先导化合物和类药物化合物 - **ZINC15**：前代版本，虽已过时但仍有文档记录 此技能主要关注 ZINC22，即当前最全面、最新的版本。 ## 访问方法 ### Web 界面 主要访问点：https://zinc.docking.org/ 交互式搜索：https://cartblanche22.docking.org/ ### API 访问 所有 ZINC22 搜索均可通过 CartBlanche22 API 以编程方式执行： **基础 URL**：`https://cartblanche22.docking.org/` 所有 API 端点均以文本或 JSON 格式返回数据，并支持自定义字段。 ## 核心能力 ### 1. 通过 ZINC ID 搜索 使用 ZINC 标识符检索特定化合物。 **Web 界面**：https://cartblanche22.docking.org/search/zincid **API 端点**： bash curl "https://cartblanche22.docking.org/[email protected]_fields=smiles,zinc_id" **多个 ID**： bash curl "https://cartblanche22.docking.org/substances.txt:zinc_id=ZINC000000000001,ZINC000000000002&output_fields=smiles,zinc_id,tranche" **响应字段**：`zinc_id`, `smiles`, `sub_id`, `supplier_code`, `catalogs`, `tranche`（包含 H-count, LogP, MW, phase） ### 2. 通过 SMILES 搜索 使用 SMILES 符号按化学结构查找化合物，并可选择距离限制